Мікрофлора ротової порожнини представлена різними видами стрептококів, пептококів, лактобактерій та інші.
У порожнині рота є сприятливі умови для життя мікроорганізмів. Слина – важливий поживний субстрат. У ній є амінокислоти, білки, ліпіди, вуглеводи, неорганічні речовини.
Через кілька годин після народження дитини бактерії можуть розможуватися в порожнині рота, і через кілька діб там виявляють окремі види стрептококів, нейсерій, актиноміцетів, лактобактерій та ін. Кількісний і якісний склад мікрофлори порожнини рота залежить від характеру харчування та віку дитини. У порожнині рота постійно живе S.Salivarius, якому властивий тропізм до поверхні органів порожнини рота, особливо багато його на поверхні язика.
Більшість видів мікроорганізмів порожнини рота – аероби й факультативні анаероби. Під час прорізування зубів з'являються облігатні грамнегативні анаероби. У збереженні мікроорганізмів у порожнині рота важливу роль відіграють глікопротеїди слини, які зумовлюють нагромадження певних бактерій на поверхні зубів, що прорізуються
Бактеріологічні дослідження вмісту ротової порожнини проводять з метою вивчення етіології патологічних процесів слизової, ясен, зубів, діагностики ряду специфічних захворювань, при виготовленні нових матеріалів для протезів та пломбування зубів. Його треба проводити до початку лікування хіміопрепаратами, до вживання їжі й не раніше, ніж через 4-5 год після місцевого лікування.