Мікроорганізми, складові нормальної мікрофлори сечостатевої системи, складають її біоценоз. У жінок він представлений строгими і факультативними анаеробними мікроорганізмами і значно меншою мірою - аеробними і мікроаерофільними. Зміна чисельності того чи іншого виду мікроорганізмів або поява невластивих даному місцю проживання бактерій причина інфекційно-запальних захворювань сечостатевої сфери.
Такі зміни мікрофлори є причиною виникнення бактеріального вагінозу, трихомоніазу.
Їх збудниками можуть бути Trichomonas vaginalis, Neisseria gonorrhoeae і гриби роду Candida. Найбільш часто спостерігаються вагініт, уретрит, цервіцит.Типовими симптомами урогенітального кандидозу у жінок – є свербіж і виділення з піхви. Раціональний вибір антибіотиків - основа радикального лікування - можливий тільки за допомогою мікробіологічної діагностики.